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Das Museum für Naturkunde in Berlin wird seit dem 01. Januar 2009 unabhängig von der Humboldt-Universität geführt. Ein hauptamtlicher Generaldirektor leitet das Museum, wird von einem Wissenschaftlichen Geschäftsführer unterstützt. Das Naturkundemuseum gliedert sich zudem in drei Abteilungen.

Die Abteilung für Sammlung beinhaltet große und außerordentlich wertvolle mineralogischen, paläontologischen und zoologischen Sammlungen. Weitere Bereiche des Museums sind die Abteilung für Forschung, sowie die Abteilung für Ausstellungen & Öffentliche Bildung. Hier gibt es unter anderem Labore und eine eigene Forschergruppe, weiterhin sogar eine eigene Bibliothek, in der Informationen nachgeschlagen werden können.
Ursprünglich entstand das Naturkundemuseum in Berlin aus drei gleichzeitig mit der Humboldt-Universität gegründeten Museen im Jahr 1810. Es befindet sich in der Invalidenstraße in Berlin.

Seit 2007 gibt es im Museum für Naturkunde insgesamt vier Dauerausstellungen und einen Saal für Sonderausstellungen mit allerhand hilfreiche Tipps. Auf über 6600m² Ausstellungsfläche und mit über 30 Millionen Sammlungsobjekten ist das Museum das größte für Naturkunde in Deutschland. Es ist jeden Tag, außer Montag, für Besucher geöffnet. Außerdem gibt es Museumspädagogen, welche unterschiedliche Möglichkeiten zum Erleben des Museums bieten.